1571 m. Braunsberge įsteigtos vienuolijos istorija glaudžiai susijusi su Lietuva. 1602 m. lankydamasis Vilniuje Varmijos vyskupas Petras Tilickis patvirtino savo parengtą naują kotryniečių konstituciją. 1631 m. vienuoliją dar kartą reformavo Žemaičių vyskupas Merkelis Geišas, paskirtas apaštališkuoju vienuolijos vizitatoriumi. Krakėse kotrynietės pradėjo kurtis apie 1615 m.. Prie vienuolyno įkūrimo tikriausiai prisidėjo Vilniaus jėzuitai, palaikę glaudžius santykius su kotrynietes globojusiais Braunsbergo jėzuitais, taip pat minėtas Žemaičių vyskupas M. Geišas. Dar prieš 1640 m. Krakėse įkurta bajoraičių vienuolių bendruomenė su vienuoliškais įžadais, bet be klauzūros. Oficialiai vienuolynas įsteigtas 1645 m. Žemaičių vyskupo Jurgio Tiškevičiaus rūpesčiu ir lėšomis-vyskupas dovanotoje teritorijoje pastatydino medinę bažnyčią ir vienuolyną, išrūpino žemės valdų. Vyskupas Kazimieras Pacas 1668 m. pasikvietė keletą kotryniečių iš Varmijos, kad jos Krakių vienuolėms pritaikytų savo regulą, ir skyrė lėšų naujos bažnyčios statybai. 1673 m. Krakių vienuolės davė įžadus pagal kotryniečių regulą ir įsijungė į šios kongregacijos Varmijos šeimą. 1692 m. pastatyta bažnyčia ir vienuolynas, kuriam sudegus naujas iškilo 1722 m., tačiau gaisrai ir toliau negailestingai niokojo konventą: vienuolynas ir bažnyčia dar degė 1863 ir 1913 m. Dalis vienuolyno turto 1842 m. caro valdžios buvo nusavinta, seserų išlaikymui paskirta pensija. Nuo pat savo įsikūrimo seserys kotrynietės slaugė ligonius, daug dėmesio skyrė mergaičių auklėjimui ir vertėsi rankdarbiais. 1842 m. joms buvo uždrausta mokyti mergaites, neleista ir priiminėti kandidačių. Nuo 1863 m., sudegus bažnyčiai, pamaldos buvo laikomos tik vienuolyno koplyčioje, nutrūko ryšys su centru Braunsberge. Tačiau vienuolynas nebuvo uždarytas ir seserys išsilaikė visą carinės priespaudos laikotarpį. 1904 m. caro įpėdinio Aleksejaus gimimo proga, užtarus aukštam valdininkui, o kotrynietėms paskelbus toleranciją imperatoriui, joms leista vėl priimti kandidates ir atidaryti noviciatą (iki Pirmojo pasaulinio karo į vienuolyną buvo priimamos tik bajoraitės). 1904 m. Krakėse tebuvo likę 3 vienuolės, bet po 1914 m. jau buvo 12 seserų. Nuo 1919 m. jos dirbo mokykloje, vaikų ir senelių prieglaudoje. 1923 m. Krakių kotrynietės vėl susijungė su centru Braunsberge. Tada panaikinta griežta klauzūra, vienuolyne įvesta lietuvių kalba. Nuo 1926 m. vienuolės prižiūrėjo nepilnamečių mergaičių nusikaltėlių auklėjimo įstaigą, mokė namų ruošos, rankdarbių. 1928 m. įkūrė pradžios mokyklą mergaitėms. 1933 m. Krakės tapo tais metais įkurtos ir sparčiai augančios savarankiškos Lietuvos kotryniečių provincijos centru, čia gyveno provincijolė. 1939 m. vienuolyne gyveno 25 seserys, 10 novicių, 8 postulantės. Vienuolynas uždarytas 1948 m., kelios kotrynietės pasitraukė į Vakarus. Krakėse kongregacija vėl atsikūrė 1997 m. Pastatytas naujas modernus vienuolyno pastatas su koplyčia. Seserys dirba ligoninėse, slaugo ligonius namuose, dėsto tikybą mokyklose, katekizuoja šeimas ir vaikus.